Laboratorij za mikrobiologiju

O laboratoriju

Glavnina istraživanja Laboratorija za mikrobiologiju usmjerena je na temeljna istraživanja iz područja ekologije morskih mikroorganizama kojima je more prirodno stanište. Osim ovom problematikom, laboratorij provodi i znanstvena istraživanja koja su vezana za alohtone mikroorganizme koji iz različitih izvora (rijekama, otpadnim vodama i sl.) dospijevaju u morski okoliš.

Područje ekologije morskih mikroorganizama obuhvaća istraživanja strukture mikrobnih zajednica (sastava, brojnosti, biomase, proizvodnje i aktivnosti) te uloge mikrobne hranidbene mreže u protoku tvari i energije kroz pelagički ekosustav.

Glavni pravci istraživanja iz područja mikrobne ekologije obuhvaćaju:

  • Karakterizaciju strukture mikrobne zajednice te praćenje brojnosti, biomase i aktivnosti svih komponenata mikrobne hranidbene mreže (virusa, autotrofnih, heterotrofnih i fotoheterotrofnih prokariota- bakterija i cijanobakterija, autotrofnih i heterotrofnih pikoeukariota i nanoflagelata) te definiranje trofičkog značaja mikrobne zajednice u protoku tvari i energije u različitim morskim ekosustavima
  • Prepoznavanje odgovora mikrobne zajednice na različite uvjete u okolišu kao i na promjene ekoloških uvjeta na prostornoj i vremenskoj skali

Izučavanje mikrobnih zajednica (njihovog sastava, brojnosti, biomase i aktivnosti) kao i odnosa između članova mikrobnih zajednica neizostavno je u razumijevanju nekoliko važnih procesa:

  • Biološke produktivnosti morskih ekosustava te protoka ugljika između trofičkih razina što je od iznimne važnosti za održavanje ribljih stokova;
  • Sudbine biogenog ugljika i njegove sekvestracije u morskom okolišu što presudno ovisi o veličinskoj strukturi mikrobnih zajednica i dominantnom tipu hranidbenih mreža;
  • Prepoznavanja odgovora mikrobne zajednice na različite uvjete u okolišu kao važnog deskriptora (indikatora) prirodnih i antropogenih promjena u morskom okolišu.

U okviru problematike alohtonih mikroorganizama provode se znanstvena istraživanja vezana za prisutnost i preživljavanje pokazatelja fekalnog onečišćenja u morskoj vodi te njihovog koncentriranja u školjkašima. Ova istraživanja neophodna su za procjenu kakvoće mora i morskih organizama kao potencijalnih rizika za ljudsko zdravlje.Rezultati ovih istraživanja također imaju direktnu primjenu u procjeni utjecaja podmorskih ispusta na okoliš, te u boljem planiranju tehnologije uzgoja školjkaša.

U Laboratoriju se trenutno provode istraživanja novih funkcionalnih skupina bakterija, raznolikosti bakterijskih zajednica primjenom molekularnih metoda, te odgovora mikrobne hranidbene mreže na globalno zatopljenje.

Publikacije

Publikacije
Šantić D, Stojan I, Matić F, Trumbić Ž, Vrdoljak Tomaš A, Fredotović Ž, Piwosz K, Lepen Pleić I, Šestanović S, Šolić M
Picoplankton diversity in an oligotrophic and high salinity environment in the central Adriatic Sea
Objavljeno
2023
DOI
ISBN
10.1038/s41598-023-34704-9
Pokaži više
Publikacije
Stojan I, Trumbić Ž, Lepen Pleić I, Šantić D
Evaluation of DNA extraction methods and direct PCR in metabarcoding of mock and marine bacterial communities
Objavljeno
2023
DOI
ISBN
10.3389/fmicb.2023.1151907
Pokaži više
Publikacije
Vrdoljka Tomaš A, Šantić D, Šolić M, Skejić S, Milinković A, Kušan Cvitešić A, Gašparović B, Šestanović S, Stefanija, Frka S
How do open coastal fire episodes impact sea surface microlayer neuston communities
Objavljeno
2023
DOI
ISBN
10.1016/j.scitotenv.2022.160593
Pokaži više
Prikaži sve

Projekti

Projekt ADRISAAF
Projekt MAUD
Projekt EUROBATH
Projekt ARGAS

Oprema

Sustav za pročišćavanje vode Milli-Q
Detalji

Sustav za pročišćavanje vode

Epifluorescentni mikroskopi
Detalji

Epifluorescentni mikroskopi (Olympus BX 50 i Olympus BX51) s kamerom koji se koriste za određivanje brojnosti i mjerenje dimenzija stanica mikroorganizama.

Tekući scintilacijski brojač (TriCarb 2910TR)
Detalji

Tekući scintilacijski brojač TriCarb 2910TR je instrument koji omogućava praćenje različitih procesa koji se odvijaju unutar mikrobne zajednice metodom ugradnje radioaktivno obilježenih supstrata u bakterijsku stanicu.

Protočni citometar
Detalji

Protočni citometar se koristi za karakterizaciju i kvantifikaciju različitih organizama unutar mikrobne zajednice na temelju fizikalnih svojstava stanica.

Vodena kupelj
Detalji

Koristi se za različite svrhe (održavanje temperature čvrstih podloga prije izlijevanja, provođenje eksperimenata pri određenim temperaturama, osiguravanje stabilnih temperatura pri umjeravanju termometara…)

Inkubatori
Detalji

Koriste se za održavanje temperature pri inkubaciji mikroorganizama, te za provođenje različitih eksperimenata pri određenim temperaturama

Autoklav
Detalji

Služi za sterilizaciju mikrobiološkog materijala

Filtracijska aparatura
Detalji

Koristi se u postupku određivanja indikatora fekalnog zagađenja metodom membranske filtracije, te za pripremu preparata za epifluorescentnu mikroskopiju.

Ultrazvučna sonda
Detalji

Koristi se za odvajanje stanica bakterija od čestica sedimenta.

Homogenizator
Detalji

Služi za homogenizaciju tkiva školjkaša

pH metar
Detalji

Služi za određivanje pH vrijednosti otopina

Zamrzivač (do -80°C)
Detalji

Koristi se za pohranu uzoraka

Spektrofotometar DeNovix DS-11
Detalji

Koristi se za mjerenje koncentracije DNA, RNA i proteina

Transiluminator
Detalji

Koristi se za vizualizaciju agaroznih gelova

Minicentrifuga
Detalji

Koristi se za centrifugiranje uzoraka pri malim brzinama

UV lampa 356nm
Detalji
Kochov lonac
Detalji

Koristi se za sterilizaciju uzraka i opreme

Hibridizacijska peć
Detalji

Koristi se za održavanje stabilnih temperaturnih uvjeta kod pripreme uzoraka za hibridizaciju