Laboratorij za mikrobiologiju
O laboratoriju
Glavnina istraživanja Laboratorija za mikrobiologiju usmjerena je na temeljna istraživanja iz područja ekologije morskih mikroorganizama kojima je more prirodno stanište. Osim ovom problematikom, laboratorij provodi i znanstvena istraživanja koja su vezana za alohtone mikroorganizme koji iz različitih izvora (rijekama, otpadnim vodama i sl.) dospijevaju u morski okoliš.
Područje ekologije morskih mikroorganizama obuhvaća istraživanja strukture mikrobnih zajednica (sastava, brojnosti, biomase, proizvodnje i aktivnosti) te uloge mikrobne hranidbene mreže u protoku tvari i energije kroz pelagički ekosustav.
Glavni pravci istraživanja iz područja mikrobne ekologije obuhvaćaju:
- Karakterizaciju strukture mikrobne zajednice te praćenje brojnosti, biomase i aktivnosti svih komponenata mikrobne hranidbene mreže (virusa, autotrofnih, heterotrofnih i fotoheterotrofnih prokariota- bakterija i cijanobakterija, autotrofnih i heterotrofnih pikoeukariota i nanoflagelata) te definiranje trofičkog značaja mikrobne zajednice u protoku tvari i energije u različitim morskim ekosustavima
- Prepoznavanje odgovora mikrobne zajednice na različite uvjete u okolišu kao i na promjene ekoloških uvjeta na prostornoj i vremenskoj skali
Izučavanje mikrobnih zajednica (njihovog sastava, brojnosti, biomase i aktivnosti) kao i odnosa između članova mikrobnih zajednica neizostavno je u razumijevanju nekoliko važnih procesa:
- Biološke produktivnosti morskih ekosustava te protoka ugljika između trofičkih razina što je od iznimne važnosti za održavanje ribljih stokova;
- Sudbine biogenog ugljika i njegove sekvestracije u morskom okolišu što presudno ovisi o veličinskoj strukturi mikrobnih zajednica i dominantnom tipu hranidbenih mreža;
- Prepoznavanja odgovora mikrobne zajednice na različite uvjete u okolišu kao važnog deskriptora (indikatora) prirodnih i antropogenih promjena u morskom okolišu.
U okviru problematike alohtonih mikroorganizama provode se znanstvena istraživanja vezana za prisutnost i preživljavanje pokazatelja fekalnog onečišćenja u morskoj vodi te njihovog koncentriranja u školjkašima. Ova istraživanja neophodna su za procjenu kakvoće mora i morskih organizama kao potencijalnih rizika za ljudsko zdravlje.Rezultati ovih istraživanja također imaju direktnu primjenu u procjeni utjecaja podmorskih ispusta na okoliš, te u boljem planiranju tehnologije uzgoja školjkaša.
U Laboratoriju se trenutno provode istraživanja novih funkcionalnih skupina bakterija, raznolikosti bakterijskih zajednica primjenom molekularnih metoda, te odgovora mikrobne hranidbene mreže na globalno zatopljenje.
Djelatnici
Publikacije
Temperature Effects on Growth Rates and Predation Loss of Bacterial Groups in Marine Ecosystems
The effect of sampling frequency and spatial and temporal variation in the density of fecal indicator bacteria on the assessment of coastal bathing water quality
Ecology of aerobic anoxygenic phototrophs on a finescale taxonomic resolution in Adriatic Sea unravelled by unsupervised neural network
Oprema
Sustav za pročišćavanje vode
Epifluorescentni mikroskopi (Olympus BX 50 i Olympus BX51) s kamerom koji se koriste za određivanje brojnosti i mjerenje dimenzija stanica mikroorganizama.
Tekući scintilacijski brojač TriCarb 2910TR je instrument koji omogućava praćenje različitih procesa koji se odvijaju unutar mikrobne zajednice metodom ugradnje radioaktivno obilježenih supstrata u bakterijsku stanicu.
Protočni citometar se koristi za karakterizaciju i kvantifikaciju različitih organizama unutar mikrobne zajednice na temelju fizikalnih svojstava stanica.
Koristi se za različite svrhe (održavanje temperature čvrstih podloga prije izlijevanja, provođenje eksperimenata pri određenim temperaturama, osiguravanje stabilnih temperatura pri umjeravanju termometara…)
Koriste se za održavanje temperature pri inkubaciji mikroorganizama, te za provođenje različitih eksperimenata pri određenim temperaturama
Služi za sterilizaciju mikrobiološkog materijala
Koristi se u postupku određivanja indikatora fekalnog zagađenja metodom membranske filtracije, te za pripremu preparata za epifluorescentnu mikroskopiju.
Koristi se za odvajanje stanica bakterija od čestica sedimenta.
Služi za homogenizaciju tkiva školjkaša
Služi za određivanje pH vrijednosti otopina
Koristi se za pohranu uzoraka
Koristi se za mjerenje koncentracije DNA, RNA i proteina
Koristi se za vizualizaciju agaroznih gelova
Koristi se za centrifugiranje uzoraka pri malim brzinama
Koristi se za sterilizaciju uzraka i opreme
Koristi se za održavanje stabilnih temperaturnih uvjeta kod pripreme uzoraka za hibridizaciju
