Projekt primjenjuje multi-omički pristup za istraživanje prostorne i vremenske raspodjele sastava mikrobnih zajednica te njihovih metaboličkih odgovora u okolišima zaljeva i otvorenog mora, uključujući ekološki osjetljiva područja mrijesta i rasta riba izložena povišenom salinitetu i uzdizanju dubokih voda. Kao dio istraživačke skupine koja je uspješno uvela molekularne metode u srednji Jadran, u ovom ćemo istraživanju primijeniti metagenomiku i metatranskriptomiku kako bismo procijenili otpornost mikrobnih zajednica na povišeni salinitet i stratifikaciju. Projekt uklanja metodološki jaz primjenom suvremenih i naprednih pristupa. Omjeri RNA/DNA koristit će se kao pokazatelji metaboličke aktivnosti i potencijala rasta. Utjecaj saliniteta na mikrobne zajednice procijenit će se utvrđivanjem i analizom gena povezanih s otpornosti na salinitet primjenom metatranskriptomike. Funkcionalna obilježja mikroorganizama povezat će se s pripadajućim taksonima kako bi se odredile skupine otporne ili osjetljive na navedene promjene. Objedinjenjem podataka dobivenih sekvenciranjem DNA i RNA s mjerenjima na razini pojedinačnih stanica omogućit će se procjena doprinosa mikroorganizama funkcioniranju ekosustava. Navedena istraživačka pitanja do sada nisu bila istodobno obrađena u Jadranu. Rezultati istraživanja pružit će referentne podatke o sastavu i aktivnosti zajednica u svrhu potpore praćenju očuvanja i upravljanja ekološki važnim područjima. Mikrobne hranidbene mreže omogućuju rano prepoznavanje promjena u okolišu te popunjavaju ključne praznine u procjeni dobrog stanja okoliša obuhvaćanjem bioloških procesa koji su inače nedovoljno zastupljeni u ekološkim procjenama. Spajanjem visoko-rezolucijskih multi-omičkih podataka s kvantitativnim mjerenjima na razini stanica, ovo istraživanje unapređuje spoznaju o ulozi mikroorganizama od bioindikatora prema jasno određenim funkcionalnim entitetima relevantnima za očuvanje morskih ekosustava.