Morski ekosustavi servisiraju ključne procese u biosferi. Pod izraženim su pritiskom globalnih klimatskih promjena, eutrofikacije i različitih vidova onečišćenja. Autohtoni mikroorganizmi su jedna od najvažnijih sastavnica koja uključuje različite fiziološke skupine. Autohtona mikrobna zajednica predstavlja temelj života u moru i prva reagira na poremećaje u okolišu te je proučavanje njene strukture i funkcioniranja od iznimne važnosti za otkrivanje i praćenje dugoročnih promjena u morskom ekosustavu. Pritisak na morski okoliš očituje se i onečišćenjem alohtonim mikroorganizmima, prvenstveno nepročišćenim i djelomično pročišćenim otpadnim vodama iz domaćinstava, što utječe na mikrobiološku kakvoću priobalnog mora, uključujući more za kupanje. Brojnost indikatorskih alohtonih bakterija u izravnoj je vezi s razinom rizika za ljude. Njihovo je praćenje važno zbog procjene stanja okoliša, zaštite zdravlja ljudi (kupača) te konkurentnosti gospodarstva.

Projekt će se odvijati kroz dva modula:
1) Ekologija autohtonih mikroorganizama, kojem je cilj utvrditi strukturne značajke autohtone mikrobne zajednice na prostornoj (različiti morski okoliši), trofičkoj (duž trofičkog gradijenta) i vremenskoj (mjesečnoj, međugodišnjoj i višegodišnjoj) skali, kao i odgovore strukturnih značajki mikrobne hranidbene mreže na promjene u okolišu, poput eutrofikacije i globalnog zatopljenja.
2) Sanitarni aspekt stanja morskog okoliša, kojem je cilj utvrđivanje izvora, porijekla i dinamike fekalnog onečišćenja priobalnog područja.

Rano prepoznavanje navedenih promjena od ključne je važnosti za okoliš te je bitno za uvođenje zaštitnih mjera kreiranjem politika zaštite okoliša te ugradnjom ove problematike u relevantne zakonske akte.